包头医学院成立于1958年，是新中国在少数民族地区较早建立的一所普通本科高等医学院校，建校当年即招收五年制临床医学专业本科学生。2003年6月，教育部决定包头医学院与包头钢铁学院、包头师范学院合并组建内蒙古科技大学，2005年2月内蒙古自治区人民政府批准内蒙古科技大学分为三个具有独立法人资格的办学实体，原包头医学院冠名为内蒙古科技大学包头医学院。